뉴욕의 백화점에 돌연변이 쥐가 출현하여 한 여성을 무는 사고가 발생한다. 홍보 담당자 수잔(매드첸 아믹 분)의 부탁으로 조사를 맡은 재난 전담반 잭(빈센트 스파노 분)은 쥐의 통로가 지하 터널과 연결되어 있으며 그 근처에서 쥐 떼가 대규모로 서식하고 있음을 알게 된다. 쥐 떼가 도시를 공격할 위기가 다가오는데도 불구하고 보건 당국이 수수방관하자 사태 해결에 나선 잭 일행은 근처의 폐쇄된 실험실에서 쥐의 출현에 관한 단서를 포착 식물의 유전자 변형 실험 과정에서 사용된 쥐가 돌연변이를 일으켰을 것으로 추측한다.
얼마 후 지하 터널로 카메라를 보내 자세한 상황을 파악하던 잭은 쥐 떼들이 지하철로 향하자 즉각 출동한다. 그 시각 지하철을 타고 있던 수잔은 쥐 떼의 습격으로 지하철이 급정거할 때 떨어뜨려 깨진 향수 병 주위로 쥐 떼가 몰려 드는 모습을 보게 된다. 가까스로 혼란 속에서 빠져 나온 수잔은 쥐 떼가 향수에 강한 반응을 나타낸다는 점을 깨닫고 잭에게 이야기한다. 곧 두 사람은 쥐의 통로와 가까운 수영장 바닥에 대량의 향수를 뿌려 쥐 떼들을 유인하는데.
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